Pada awal-awal berikutan Akta Kemerdekaan Malaysia 1957, sekolah mubaligh yang berbahasa Inggeris, sekolah Cina dan sekolah Tamil yang sedia ada menerima bantuan dana dari kerajaan dan dibenarkan mengekalkan wahana pembelajaran dengan syarat mereka menerima pakai kurikulum kebangsaan.
Sekolah menengah Cina diberikan pilihan untuk menerima dana kerajaan dan berubah kepada sekolah jenis kebangsaan Inggeris atau kekal sebagai sekolah Cina dan swasta tanpa bantuan kerajaan. Kebanyakan sekolah Cina ini menerima perubahan walaupun terdapat sebilangan yang menolak. Sekolah Cina yang menolak bantuan kerajaan ini disebut sebagai Sekolah Tinggi Bebas Cina. Tidak lama selepas perubahan itu, sesetengah sekolah jenis kebangsaan mengasaskan kembali cabang sekolah tinggi bebas Cina mereka.
Pada tahun 1996, Akta Pendidikan 1996 dikeluarkan di Parlimen untuk meminda Ordinan Pendidikan 1956 dan Akta Pendidikan 1961. Pada tahun 2004, Kementerian Pendidikan berpecah dua menjadi Kementerian Pendidikan dan Kementerian Pendidikan Tinggi. Kementerian Pendidikan Tinggi menguruskan hal-ehwal melibatkan pendidikan tinggi. Kementerian-kementerian ini bergabung sebentar sebelum berpecah semula pada tahun 2015 sehingga tahun 2020 ketika rencana ini disalin di sini.
Pada tahun 2017, sebilangan "pendidik sekolah mubaligh" dilaporkan membangunkan semula sekolah-sekolah mereka sebagai sekolah swasta dengan kurikulum tempatan. Mereka bertegas bahawa sekolah-sekolah itu mempunyai sejarah sebagai sekolah mubaligh swasta yang lama. Laporan menyatakan bahawa St. John's International School kini adalah pusat pendidikan swasta dan bekerjasama dengan La Salle Brothers Malaysia. Ia turut mempunyai kaitan dengan La Sallian Organization yang sudah bertapak di Malaysia sejak tahun 1904, dengan institusi awalnya St. John's Institution sebagai sekolah mubaligh di lebih daripada 70 negara. The Sisters of the Holy Infant Jesus turut mempertimbang untuk menstrukturkan semula sekolah-sekolah mereka. Mereka menyatakan bahawa mereka tidak berniat untuk menjual tanah dan bangunan mereka untuk pembangunan semula.
